Yhdistyksen tarkoituksena on edistää Pohjois-Suomessa tehtävää ja siihen kohdistuvaa historiatieteellistä, arkeologista ja kansatieteellistä tutkimusta.

Julkaisutoiminnan lisäksi yhdistys järjestää seminaareja ja esitelmätilaisuuksia eri puolilla Pohjois-Suomea.
Tieteellisiä artikkeleita sisältävä vuosikirja Faravid on ilmestynyt yhtäjaksoisesti vuodesta 1977 lähtien.

Studia Historica Septentrionalia -sarjassa on vuoden 2011 loppuun mennessä ilmestynyt 63 teosta. Vuonna 1978 aloitetussa sarjassa julkaistaan etupäässä historia-alan väitöskirjoja ja muuta alan korkeatasoista tutkimusta. Pääosa on monografioita, mutta viime vuosina on julkaistu myös artikkeleista koostuvia tieteellisiä teoksia.

PSHY:n julkaisusarjoja ovat myös lähdejulkaisu Documenta Septentrionalia, arkeologista tutkimusta sisältävä Studia Archaeologica Septentrionalia ja kartografia-aiheinen Monumenta Cartographica Septentrionalia.

Yhdistyksen jäsenet ovat vuosi-, ainais-, kannattaja-, tutkija-, kirjeenvaihtaja- ja kunniajäseniä. Jäseneksi voivat liittyä kaikki yhdistyksen toiminnasta ja tavoitteista kiinnostuneet henkilöt.
Yhdistyksen toiminnasta päätetään hallituksen koolle kutsumissa yleiskokouksissa: syyskokous pidetään vuosittain marraskuun loppuun mennessä ja kevätkokous maaliskuun loppuun mennessä. Ne ovat avoimia kaikille jäsenille ja ne pidetään vuorotellen eri puolilla Pohjois-Suomea hallituksen päätöksen mukaan.